科技创新是加速经济转型的强引擎，2011年开发区始终坚持科技强区发展战略，海宝工业园、复华高新园、复旦科创园等一大批创新平台加速推进，滨江科教城、科技研发外包产业园等科技创新集聚区加速构建，吸聚了慧聚药业、巴塞利亚等一批重量级的科研外包服务企业。去年8月份省级科技研发外包产业园成功获批。
[ 新闻回放]本报讯 记者刘海滢、马国兴 通讯员潘卫星报道：开发区中心区的巴塞利亚药业，20多亩土地，66名研发人员，专业从事新药研究，今年入库税金将达到1000万元。这是开发区典型的科技研发型服务外包企业。就是依靠像巴塞利亚药业这样的研发型服务外包企业的支撑，最近，省商务厅同意海门经济开发区内设立“江苏海门科技研发外包产业园”。这是开发区继获批设立省级重大装备产业园之后，又一个设立的省级特色产业园。
经过“十一五”的打基础、修跑道，开发区已经迎来了加速腾飞的机遇期。近年来，开发区党工委、管委会充分依托接轨上海第一桥头堡的区位优势，大力实施“双轮驱动”发展战略，即先进装备制造业和现代服务业，牢牢抓住创新发展这个重点，全力推进经济发展转型升级，着力提升开发区综合竞争力，今年综合实力成功跻身全省99家省级开发区首位，为加快晋升国家级开发区夯实了基础。
推进经济转型升级，必须坚持以规划为龙头。近两年来，开发区注重产业功能区规划和定位，海门港工贸区充分依托新通海沙综合整治工程实施后，带来的“钻石”岸线和广袤腹地，以省级重大装备产业园为平台，重点发展重大临港型先进装备产业和高科技产业，并充分依托深水岸线资源，发展物流产业，建设保税物流园区。滨江新城以滨江科技城为依托，重大发展教育产业、文化创意产业、总部经济等。中心区充分依托城市中心，重点发展科技研发外包产业、高端服务业等。这次省商务厅同意设立的“江苏海门科技研发外包产业园”就位于中心区内，规划建设面积为2平方公里。
创新发展，转型升级已成为开发区发展的主旋律。近两年来，大项目加速聚集，提升了开发区的产业层次。去年落户的总投资150亿元的海宝工业园项目，规划占地4.5平方公里，落户的项目均是宝钢集团产业转型升级项目。已经落户并开工建设的总投资超过10亿元的宝钢钢构项目是研发生产高管钢结构产品，总投资6亿元的磁性材料项目是世界技术最先进、规模最大的循环经济与高科技为一身的项目，总投资在15亿元以上的精密钢丝项目主要研发生产高强度钢帘线和光伏产业用切割钢丝，科技含量极高。宝钢物流项目是现代服务业项目。在建的超过10亿元的海新重工、海隆重机、亚洲新能源、中远重工等均是临港型重装备项目。开工建设的总投资超过15亿元的复旦复华科创园项目是融研发、生产为一体的高科技项目。同时，开发区已落户的企业更是依托科技创新，着力提升企业发展的内涵力。慧聚药业公司充分依托雄厚的技术力量，成功研发了江苏省第一个新药，跻身南通市十佳服务外包企业行列。如今在开发区重点服务外包企业达到15家，将有力促进省级服务外包产业园的发展。